De beslissende aanzet tot de ontwikkeling van een groot klooster werd gegeven door de episode van de stigmata in 1224. In augustus 1224, gefrustreerd door de veranderingen in de Orde van de Minderbroeders,  terug Franciscus zich terug in La Verna om 40 dagen te vasten als voorbereiding op het feest van St. Michael. Toen hij aankwam, werd hij, naar men zegt, ontvangen door een zwerm zingende vogels, sommige streken neer op zijn schouders, sommige op zijn armen en andere op zijn voeten.

Tijdens het bidden ontving hij rond 14 september de stigmata. Na een visioen van een serafijn begon hij nagels van gehard vlees te ontwikkelen die uit zijn handen en voeten staken. Ook ontstond een wond in zijn zij zoals die bij Christus. Aldus werd La Verna beschouwd als gewijde grond.

De plek kreeg van Paus Alexander IV pauselijke bescherming. Er werd een kerk gebouwd en deze werd ingewijd in 1260. St. Bonaventura en vele bisschoppen waren aanwezig bij deze plechtigheid. Enkele jaren later werd de Kapel van de Stigmata gebouwd dicht bij de plaats van het wonder.

In 1348 werd begonnen met de bouw van de hoofdkerk maar deze werd pas in 1509 voltooid.

De monniken maken twee maal per dag een plechtige processie van de hoofdkerk naar de Kapel van de Stigmata.

Het klooster werd gedeeltelijk door brand verwoest in de 15^e eeuw en later gerestaureerd. De restauratiewerkzaamheden duurden drie eeuwen.

In 1810 en in 1866 werden de monniken tijdelijk verdreven als gevolg van de onderdrukking van religieuze ordes.     

Bronnen : https://en.wikipedia.org, https://www.frankwandelt.nl, https://www.toscaneinside.com